ร้านยากรุงเทพเริ่มเปิดให้บริการสาขาแรก ในปี พ.ศ.2541 หลังจากวิกฤติเศรษฐกิจในปี พ.ศ.2540 ด้วยแนวคิดที่ว่าจะทำอย่างไรจึงจะช่วยให้ประชาชนสามารถดูแลสุขภาพ และรักษาอาการเจ็บปวดเบื้องต้นของตนเองได้ ทั้งช่วยประหยัดค่าใช้จ่ายปละเวลา ร้านยาจึงเป็นคำตอบที่ลงตัว คือ เข้าถึงง่าย อยู่ในแหล่งชุมชน และให้คำแนะนำที่ดีกับลูกค้า

    ในปี พ.ศ.2547 จดทะเบียนเป็น บริษัท กรุงเทพดรักสโตร์ จำกัด และได้มีการพัมนาปรับปรุงให้มีระบบการทำงานที่เป็นมาตรฐาน ทำให้เราสามารถขยายสาขาในรูปแบบแฟรนไชส์ได้อย่างต่อเนื่อง และให้บริการแก่ประชาชนได้อย่างทั่วถึง โดยปัจจุบันมีสาขาเปิดบริการมากว่า 100 สาขา